Институт организован по решению Государственного комитета по науке и технике СССР от 17 февраля 1970 года в Курске и приказу № 76 Министерства сельского хозяйства СССР от 27 марта 1970 года.

 Всероссийский научно-исследовательский институт земледелия и защиты почв от эрозии (ВНИИЗиЗПЭ) являлся ведущим научно-методическим центром, разрабатывающим теоретические и прикладные проблемы совершенствования систем земледелия для Российской Федерации, координировал научные исследования по земледелию и защите почв от эрозии 61 НИУ. На него было возложено проведение научных исследований по следующим направлениям:

• разработка научных основ формирования адаптивно-ландшафтных систем земледелия, обеспечивающих высокую продуктивность земельных угодий и экологическую устойчивость (безопасность) территории;
• разработка систем управления плодородием почв и получения экологически безопасной продукции в различных почвенно-климатических зонах России;
• изучение причин, масштабов и последствий эрозии почвенного покрова Российской Федерации, изыскание новых эффективных средств борьбы с ней.

Фактический экономический эффект от внедрения только региональных моделей адаптивно-ландшафтных систем земледелия в Белгородской, Воронежской, Волгоградской, Курской, Новосибирской, Ростовской, Ульяновской и Челябинской областях на площади 166,5 тыс. га за счет повышения урожайности зерновых культур на 25-30%, уменьшения стока воды в 1,5-2,0 раза и смыва  почвы в 3-8 раз составил 49,5 млн. руб.

За 50-летний период работы в институте был сформирован мощный научный потенциал, представленный академиками, членами-корреспондентами, профессорами, докторами и кандидатами наук, на счету которых около 280 изобретений, 100 медалей и  дипломов, большое количество научно-методической и научно-производственной продукции, широко освоенной в разных регионах России и за ее пределами.

За разработку научных основ формирования экологически сбалансированных, высокопродуктивных агроландшафтов и систем земледелия сотрудники института академик РАСХН А.П. Щербаков, чл.-корр. РАСХН В.М. Володин, чл.-корр. РАСХН Г.Н. Черкасов, д.с.-х.н. И.П. Здоровцов удостоены Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники.

С 1992 по 2012 год во ВНИИЗиЗПЭ действовал специализированный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук по общему земледелию и почвоведению. За этот период в совете защищено 98 диссертаций, из них 28 докторских и 70 кандидатских диссертаций. География рассмотренных и защищенных диссертаций обширна: Курск, Москва, Воронеж, Белгород, Орел, Смоленск, Краснодар и др.

В настоящее время институт входит в состав Курского федерального аграрного научного центра.