Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Курский федеральный аграрный научный центр» (далее Центр) является научной организацией.
В соответствии с приказом Федерального агентства научных организаций (далее - ФАНО России) от 28 сентября 2017 г. №«629 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Курский научно-исследовательский институт агропромышленного производства» (далее — ФГБНУ Курский НИИ АПП) реорганизовано в форме присоединения к нему Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Всероссийский научно-исследовательский институт земледелия и защиты почв от эрозии» (далее - ФГБНУ ВНИИЗиЗПЭ) и Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Российский научно-исследовательский институт сахарной промышленности» (далее ФГБНУ РНИИСП) с последующим переименованием в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Курский федеральный аграрный научный центр».
ФГБНУ Курский НИИ АПП являлось правопреемником Курского научно-исследовательского института агропромышленного производства, созданного в соответствии с приказом Госагропрома РСФСР и Всероссийского отделения ВАСХНИЛ от 31 октября 1989 г. №305-орг/57-пк на базе Курской государственной областной сельскохозяйственной опытной станции Всероссийского отделения ВАСХНИЛ и Курской научно-исследовательской ветеринарной станции Госагропрома РСФСР.
ФГБНУ ВНИИЗиЗПЭ являлось правопреемником Всесоюзного научно-исследовательского института защиты почв от эрозии Всероссийского отделения ВАСХНИЛ, созданного в соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства СССР от 27 марта 1970 г. №76.
ФГБНУ РНИИСП являлось правопреемником Российского научно-исследовательского института сахарной промышленности, созданного в соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия РСФСР от 23 октября 1991 г. № 1064 на базе Курского филиала Всесоюзного научно-исследовательского института сахарной промышленности. Совместным приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации и Российской академии сельскохозяйственных наук от 25 февраля 1992 г. № 124/11-ПК «О передаче НТЦ «Агропищепром» в ведение Российской академии сельскохозяйственных наук от 25 февраля 1992 г. № 124/11-ПК «О передаче НТЦ «Агропищепром» в ведение Российской академии сельскохозяйственных наук» ФГБНУ РНИИСП передано в ведение Российской академии сельскохозяйственных наук.
На основании Указа Президента Российской Федерации от 30 января 1992 г. № 84 «О Российской академии сельскохозяйственных наук» на базе Российской академии сельскохозяйственных наук и Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук создана единая Российская академия сельскохозяйственных наук, в ведение которой переданы ФГБНУ Курский НИИ АПП и ФГБНУ ВИИИЗиЗПЭ.
В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. №2591-р ФГБНУ Курский НИИ АПП, ФГБНУ ВИИИЗиЗПЭ и ФГБНУ РНИИСП переданы в ведение ФАНО России.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 г. № 1293-р Центр передан в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
